Szybki wzrost ilości braci spowodował konieczność stworzenia reguły. Wprawdzie Franciszek oddał kierownictwo wspólnoty w ręce Piotra z Catani (1220 r.), a po jego śmierci Eliasza z Kortony (1221 r.), zastrzegł sobie prawo kształtowania ustaw zakonu. W 1221 r. światło dzienne ujrzała Reguła zwana Niezatwierdzoną, gdyż nie uzyskała aprobaty Kurii Rzymskiej. W 1223 r. powstała druga Reguła. Papież Honoriusz III zatwierdził ją 29 listopada 1223 r. bullą Solet annuere. Reguła ta obowiązuje do dziś w I ZakonieIriarte Lazaro, Historia franciszkanizmu, s. 41-46, Kraków 1998, por. Prejs Roland, Za Franciszkiem. Historia I Zakonu franciszkańskiego, s. 109-110.
W 1219 r. Zakon – zwany już wówczas: Bracia Mniejsi, albo Zakon Braci Mniejszych – rozpoczął działalność misyjną. Grupy braci udały się do Niemiec, Francji, Maroka oraz Egiptu i Ziemi Świętej. Ta ostatnia wyprawa zaowocowała w nieoczekiwany sposób: sułtan Al-Kamil dał Franciszkowi i jego braciom możliwość swobodnego przebywania w Ziemi Świętej. Przez kolejne wieki, aż do ustanowienia łacińskiego Patriarchatu Jerozolimy w 1847 r. Bracia Mniejsi byli jednymi przedstawicielami Kościoła katolickiego w miejscach związanych z działalnością Jezusa Chrystusa.