W czerwcu 2008 Arturo Millet zakomunikował, iż zespół Méridy będzie grał w drugiej lidze meksykańskiej, jednak już pod szyldem klubu filialnego pierwszoligowego Monarcas Morelia. Swoją decyzję argumentował chęcią utrzymania przez dłuższy czas drużyny piłkarskiej w mieście Mérida. Otrzymał także gwarancję, iż w przypadku awansu do meksykańskiej Primera División klub będzie mógł rozgrywać mecze w Méridzie. Od tamtego czasu większość składu drużyny stanowili młodzi gracze, niemieszczący się w pierwszej drużynie Morelii. W listopadzie 2008 zespół otrzymał odpowiedni certyfikat od Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej, pozwalający na ewentualną grę w najwyższej klasie rozgrywkowej.
W sezonie Clausura 2009 Mérida pokonała w dwumeczu finałowym fazy play–off Tijuanę łącznym wynikiem 1:0 (0:0, 1:0), zdobywając mistrzostwo drugiej ligi. Nie zagwarantowało to jednak klubowi awansu do Primera División, gdyż decydujący dwumecz musiał on rozegrać z mistrzem fazy Apertura 2008, Querétaro.