Działalność edukacja (Copernicus College, lekcje w szkołach), organizacja konferencji i sympozjów, badania z zakresu: kosmologii, fizyki, biologii, neuronauki, psychologii, kognitywistyki, filozofii, prawa, logiki, teologii, historii nauki, relacji między nauką i religią oraz wpływu nauki na kulturę, popularyzacja nauki (w szczególności organizacja regularnych wykładów otwartych w Krakowie oraz corocznego Copernicus Festival).
Centrum Kopernika unika programowo działań propagandowych oraz ideologicznych.
Fundacja Prof. dr hab. Michał Heller przekazał otrzymaną w 2008 roku Nagrodę Templetona, łącznie 1,6 mln USD, na powstanie Fundacji Centrum Kopernika.
Kawiarnia De Revolutionibus Kawiarnio-księgarnia De Revolutionibus Books & Cafe powstała jesienią 2013 przy ul. Brackiej 14 w Krakowie z inicjatywy Fundacji Centrum Kopernika. Środki na jej założenie przeznaczył Michał Heller, który był też pomysłodawcą nazwy, nawiązującej do dzieła Mikołaja Kopernika De revolutionibus orbium coelestium (O obrotach sfer niebieskich).