Jesienią 1825 roku trzynastoletni Zygmunt powtórnie wyjechał z guwernerem Chlebowskim na Podole. Tu „obserwował dolę chłopa i ubolewał nad ruskim chłopem uciśnionym przez możnych panów. Tu budziły się jego zainteresowania polityką, a zwłaszcza ruchami wolnościowymi”.
Po zdaniu przez Krasińskiego egzaminu do szóstej klasy Liceum Warszawskiego Chlebowski opuścił dom swego wychowanka. W listopadzie 1828 roku zatrudnił się jako praktykant w Sekcji Statystycznej Biura Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych i Policji. Po kolejnych awansach został Szefem Wydziału Administracji Ogólnej w Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych i Duchownych w Warszawie.
W 1846 roku został powołany na członka zawiązanego w 1845 roku Towarzystwa Geograficznego Rosyjskiego w Petersburgu.
Był lojalnym urzędnikiem rosyjskim. Dosłużył się rangi radcy dworu, otrzymał w 1856 roku Order Świętej Anny 3 klasy.
Ożenił się z Marią Kuntze, z którą miał syna Jana (ur. w 1837 roku), również urzędnika Komisji Spraw Wewnętrznych.
Chlebowski wydał m.in.: przekład Gramatyki hebrajskiej L. A. Chiariniego (1826) przekład Jeometrii i mechaniki Karola Dupina (1827–8, 3 tomy, wspólnie z Antonim Tylmanem) przekład Słownika hebrajskiego L. A.