Zainteresowania naukowe Jerzego Kowalskiego obejmowały retorykę grecką, archeologię starożytnej Grecji, mitologię i etnografię antyczną, historię i geografię starożytną. Badał wczesne prace Plutarcha, wykazując wpływ retoryki greckiej na tego autora. Zajmował się twórczością Hermogenesa z Tarsu, opracował krytyczne wydanie jego dzieł Hermogenes de statibus (1947). Badał Sielanki Wergiliusza, łacinę Kopernika, wydał z komentarzem Wykłady lozańskie Mickiewicza (1936), a także Chmury Arystofanesa (1923) i Wyznania św. Augustyna (1929). Odbywał liczne podróże naukowe do Włoch, Grecji i Francji w okresie międzywojennym. Zainicjował serię wydawniczą „Acta Seminarii Philologici II”.
Jego żoną od 4 maja 1924 była pisarka Anna z Chrzanowskich Kowalska. W 1946 we Wrocławiu urodziła się ich córka Maria, zwana w domu Tulą. Po śmierci męża w 1954 przeniosła się do Warszawy i zamieszkała z córką wraz z Marią Dąbrowską.
Został pochowany na cmentarzu Świętego Wawrzyńca we Wrocławiu.
Pośmiertnie został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (1950).