Miejscowość związana z działalnością braci polskich. Józef Szymański w pracy „Szlakiem Braci Polskich” wspomina o działającym tu w XVI wieku zborze braci polskichJózef Szymański, Szlakiem Braci Polskich.Przewodnik turystyczny po Kielecczyźnie., Kielce 1962, s. 124..
W 1587 w Wiślicy miał miejsce sejm elekcyjny podczas którego nastąpiła podwójna elekcja: arcyksięcia Maksymiliana Habsburga oraz Zygmunta Wazy. Miasto zostało w tym czasie zajęte przez wojska Krzysztofa Zborowskiego, zwolennika arcyksięcia Maksymiliana. Ostatecznie na króla wybrany został Zygmunt Waza, któremu poparcia udzielił kanclerz wielki koronny Jan Zamoyski. W 1606 w czasie rokoszu Zebrzydowskiego w Wiślicy odbył się zjazd zwolenników króla.
Miejscowość podupadła w XVII wieku, w czasie potopu szwedzkiego. W 1657 została zniszczona przez wojska Jerzego Rakoczego. W 1766 rozebrano zamek, w 1820 kościoły św. Marcina i Ducha Świętego, a pod koniec XIX wieku dawne mury miejskie. W 1869, po powstaniu styczniowym, Wiślica utraciła prawa miejskie.