Wiosną 2011 Cortés przeszedł do meksykańskiego klubu Querétaro FC, w którego barwach 8 stycznia 2011 w zremisowanej 2:2 konfrontacji z Tigres UANL zadebiutował w tamtejszej Liga MX. Od razu został podstawowym stoperem zespołu i premierowego gola w lidze meksykańskiej strzelił 29 stycznia tego samego roku w wygranym 1:0 meczu z Necaxą. Barwy Querétaro reprezentował przez dwa lata, nie odnosząc jednak poważniejszych osiągnięć i głównie walcząc o utrzymanie w lidze, po czym został zawodnikiem urugwajskiego giganta – drużyny Club Nacional de Football ze stołecznego Montevideo. W urugwajskiej Primera División zadebiutował 24 lutego 2013 w przegranym 0:1 pojedynku z Defensorem Sporting i jako podstawowy piłkarz występował w Nacionalu przez pół roku. W lipcu 2013 powrócił do Meksyku, podpisując umowę z tamtejszą ekipą CF Pachuca, z którą będąc jednym z ważniejszych graczy zdobył tytuł wicemistrza kraju w wiosennym sezonie Clausura 2014.
W lipcu 2014 Cortés przeniósł się do zespołu Puebla FC.