wywożenie reszty paliwa HEU do Rosji zakończono do 2016 roku, 2015 – modernizacja układu awaryjnego zasilania energią elektryczną i układu wentylacji technicznej obudowy bezpieczeństwa, 2016 – kłopoty finansowe reaktora związane z brakiem pieniędzy na paliwo jądrowe, wiosna 2023 – list otwarty pracowników reaktora do dyrektora Narodowego Centrum Badań Jądrowych oraz minister Klimatu i Środowiska, zwracający uwagę na zagrożenie zamknięciem MARII wobec niskiego poziomu płac oraz niewystarczającej do eksploatacji reaktora liczby pracowników, 2023, 27 października – reaktor powrócił do pracy po wielomiesięcznej przerwie spowodowanej pracami remontowymi i największą od 1974 modernizacją, niezbędną do uzyskania przedłużenia licencji w 2025, 2025 – wygasło zezwolenie na eksploatację obiektu jądrowego, a reaktor nie zdołał terminowo uzyskać kolejnego. Jako przyczyny Państwowa Agencja Atomistyki podała kwestie programu kwalifikacji systemów, elementów konstrukcji i wyposażenia reaktora, limitów i warunków eksploatacyjnych, a także wyników obliczeń analiz bezpieczeństwa zawartych w Eksploatacyjnym Raporcie Bezpieczeństwa. W związku ze sprawą, minister przemysłu odwołała ze stanowiska Dyrektora Narodowego Centrum Badań Jądrowych Krzysztofa Kurka, który pełnił też rolę kierownika jednostki organizacyjnej.