Podczas pobytu w obozie prowadził kursy i wykłady z zakresu historii sztuki, architektury, meblarstwa. Ponadto zajmował się realizacją dekoracji i rekwizytów dla obozowego teatru.
Powojenny okres pracy zawodowej Jana Bogusławskiego związany był początkowo z działalnością w Biurze Odbudowy Stolicy (1945–1949). W latach 1949–1951 w Centralnym Biurze Projektów Architektonicznych i Budowlanych, od roku 1951 do 1954 w biurze Miastoprojekt Południe, a w latach 1954–1965 w Miastoprojekt Śródmieście, jako samodzielny projektant. Do połowy lat 50. współpracował z arch. Józefem Łowińskim, później z arch. Bohdanem Gniewiewskim.
W 1955 wygrał konkurs architektoniczny na projekt odbudowy Zamku Królewskiego w Warszawie, otrzymał II nagrodę równorzędną (pierwszej nie przyznano, a równorzędną otrzymał arch. Romuald Gutt). 1 maja 1955 roku zorganizował pracownię PKZ „Zamek”, która rozpoczęła badania i studia historyczne pod kątem późniejszej odbudowy, zbierała materiały archiwalne i na ich podstawie prowadziła inwentaryzację Zamku oraz opracowywała projekt jego odbudowy. Mimo braku decyzji o odbudowie całego zespołu zamkowego powstały jego fragmenty: piwnice gotyckie, sala o dwóch słupach, Biblioteka Stanisławowska, skrzydło Bacciarellego, kuchnie królewskie. Realizacja odbudowy całości bryły Zamku rozpoczęła się w styczniu 1971.