Historia Uchwalona 29 listopada 1947 Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181 zakładała, że wioska Bajtunja znajdzie się arabskim państwie utworzonym na terytorium Palestyny. Jednak Arabowie odrzucili plan podziału Palestyny, doprowadzając do wybuchu pod koniec listopada 1947 wojny domowej w Palestynie. W owym czasie w rejonie wioski działały siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej. Na samym początku I wojny izraelsko-arabskiej w maju 1948 wioskę zajęły oddziały jordańskiego Legionu Arabskiego. Po wojnie Bajtunja weszła w skład terytorium okupowanych przez Transjordanię.
Podczas wojny sześciodniowej w 1967 wioskę zajęły wojska izraelskie. Bajtunja znalazła się na okupowanym przez Izrael terytorium Zachodniego Brzegu Jordanu. Okres dobrej współpracy palestyńsko-izraelskiej został przerwany wybuchem w grudniu 1987 pierwszej Intifady. W 1988 na południe od miasta Bajtunja powstał tymczasowy obóz-więzienie, w którym izraelskie siły bezpieczeństwa umieszczały na czas przesłuchań zatrzymanych uczestników arabskich zamieszek. Z czasem namioty zastąpiono barakami więziennymi, przekształcając obóz w więzienie Ofer.