Chociaż od czasu do czasu napotykali na trudności w odwiedzaniu sanktuarium, to władze osmańskie nakazały karać każdego, kto uniemożliwia lub utrudnia żydowską pielgrzymkę do An-Nabi Samu’il. Księgi podatkowe z 1596 roku opisują An-Nabi Samu’il jako małą wieś, liczącą zaledwie 5. muzułmańskich gospodarstw. Mieszkańcy płacili podatki z uprawy pszenicy, jęczmienia, oliwek, winnic, drzew owocowych, kóz i pszczelarstwa. W 1730 roku w wiosce wzniesiono nowy meczet, w skład którego włączono pozostałości dawnego kościoła krzyżowców. W 1883 roku brytyjskie stowarzyszenie Palestine Exploration Fund opisało wieś jako mały przysiółek z glinianymi chatami, który wznosi się na szczycie grzbietu wśród pozostałości ruin krzyżowców.
Podczas I wojny światowej w 1917 roku wioska została poważnie zniszczona od ognia tureckiej artylerii. W wyniku wojny, cała Palestyna przeszła pod panowanie Brytyjczyków, którzy utworzyli Mandat Palestyny. W 1921 roku wioska została odbudowana, a osmański meczet przywrócony społeczności muzułmańskiej. Spis ludności przeprowadzony w 1922 roku wykazał, że w An-Nabi Samu’il mieszkało 121 muzułmanów, a w 1931 roku 138 mieszkańców, w tym 1 chrześcijanin. Według danych z 1945 roku do wsi należały ziemie o powierzchni 215 ha.