Rozgrywka Flower dzieli się na sześć głównych poziomów oraz jeden dodatkowy, pojawiający się podczas napisów końcowych. Każdy poziom reprezentowany jest przez kwiat w dzbanie znajdującym się na parapecie pokoju. Po wybraniu jednego z kwiatów gracz przenosi się do świata będącego w domyśle wytworem wyobraźni rośliny. Podczas rozgrywania poziomu gracz przejmuje kontrolę nad wiatrem, dmuchając w pojedynczy płatek kwiatu. Przy użyciu kontrolera konsoli gracz zmienia kierunek lotu płatka. Naciśnięcie jakiegokolwiek przycisku wywołuje podmuch wiatru, a co za tym idzie – szybszy ruch płatka. Kamera znajduje się przeważnie tuż za płatkiem, aczkolwiek wykonuje niekiedy najazdy, aby ukazać graczowi nowy cel lub konsekwencje działań tegoż.
Na każdym poziomie obecne są skupiska i szeregi kwiatów;