W owym czasie popularność zdobywała dystrybucja cyfrowa. Chen i Santiago zauważyli, że daje im to możliwość tworzenia gier bez ponoszenia ryzyka finansowego charakterystycznego dla dystrybucji pudełkowej, wymagającej akumulacji kapitału poprzez pracę dla innych przedsiębiorstw produkujących gry. Thatgamecompany zostało założone 15 maja 2006 roku, gdy Chen i Santiago otrzymali dyplomy magisterskie. Spółka wkrótce potem podpisała kontrakt z Sony Computer Entertainment, którego uwagę przykuła gra Chena we Flashu, Flow – część jego pracy magisterskiej na USC. Thatgamecompany podpisało kontrakt na produkcję trzech gier przeznaczonych na nadchodzący system dystrybucji PlayStation Network, otrzymując także dofinansowanie i siedzibę w biurach Sony w Los Angeles.
Początkowo Thatgamecompany składało się z Chena, Santiago, Nicholasa Clarka (pracującego wraz z Chenem nad Flow) oraz Johna Edwardsa. Santiago była prezesem spółki jako producent jej gier, podczas gdy Chen objął posadę głównego projektanta, Edwards – głównego programisty, a Clark – projektanta. Jakkolwiek rozważali oni adaptację Cloud jako pierwszego produktu dla Sony, zdecydowali się jednak na Flow, jako że jej port byłby łatwiejszy w produkcji;