2006/2007 Puchar Kontynentalny – 1. miejsce Sezon 2006/2007 Sagen zaczęła od słabszych występów. 21 i 22 lipca zajęła 7. i 2. miejsce w Park City. 25 i 26 lipca w Calgary była 6. i 3. Pierwsze w sezonie zwycięstwo odniosła 6 sierpnia w Klingenthal. Trzy dni później była 7. w Poehla. Następnie dwukrotnie triumfowała, 12 sierpnia w Meinerzhagen i 15. w Bischofshofen.
Mistrzostwa Norwegii – 1. miejsce W Kongsbergu Sagen obroniła tytuł mistrzyni Norwegii na skoczni normalnej.
Zimową część Pucharu Kontynentalnego, Anette Sagen rozpoczęła 14 stycznia od zajęcia 4. miejsca w Villach. 15 i 16 stycznia wygrała oba konkursy w Dobbiaco. Później była 3. w Ljubnie.
FIS Ladies Grand Prix Ski Jumping – 20. miejsce 8 lutego była 2. w Saalfelden am Steinernen Meer. 10 lutego zwyciężyła w Breitenbergu. Następnego dnia razem z reprezentacją Norwegii zajęła 3. miejsce w konkursie drużynowymSkład zespołu: Silje Sprakehaug, Gyda Enger, Line Jahr i Anette Sagen.. 14 lutego w Baiersbronn zajęła słabszą, 12. pozycję. Opuściła start w Schönwald, przez co straciła możliwość wygranej w Ladies Grand Prix. Turniej ukończyła na 20. pozycji.
Podczas marcowych konkursów w Japonii była 3. i 7. w Zao oraz 1. i 2. w Sapporo. Trzeci raz z rzędu wygrała Puchar Kontynentalny.