siedem lat później Baník zajął ostatnie miejsce nad strefą spadkową, z kolei w 2004 triumfował w rozgrywkach Gambrinus ligi, przewodząc ligowej tabeli przez większość sezonu oraz docierając do finału pucharu Czech, przegrywając ze Spartą Praga 1–2; 19 trafień dało tytuł ligowego króla strzelców Markowi Heinzowi. Po sezonie odszedł szkoleniowiec František Komňacký, jak i czołowi zawodnicy zespołu – Heinz, René Bolf, Jan Laštůvka i Miroslav Matušovič. Zespół zdobył Puchar Czech w 2005 r., lecz od tej pory najczęściej plasuje się w dolnej części tabeli. Obecnie klub ma poważne kłopoty finansowe – w grudniu 2011 r. doszło do sprzedaży terenów wokół stadionu Bazaly, a w lutym 2012 r. nowym właścicielem klubu został deweloper SMK Reality Invest; kibice zorganizowali również zbiórkę pieniędzy na uratowanie klubu – w efekcie zebrano ponad milion Kč.
Tożsamość klubu thumb|Kibice Baníka podczas domowego meczu z 1. FC Brno