Zamek w Malmaison stał się sławny, kiedy Józefina de Beauharnais, małżonka Napoleona Bonaparte, wykupiła go w 1799, za sumę 250 000 ówczesnych franków. Przypuszcza się, że to bankier Gabriel-Julien Ouvrard, jeden z najbogatszych ludzi we Francji w tym czasie, finansował zakup Józefiny. Bonaparte przejął zamek na swoje konto, po zamachu stanu, najprawdopodobniej finansując ten zakup z pieniędzy pierwszej kompanii włoskiej.
Napoleon zatrudnił znanych architektów Charles Percier i Pierre-François-Léonard Fontaine do renowacji i zmiany dekoracji w zamku, aby zaadaptować na ówczesny gust.
Zamek w Malmaison stał się wraz z nieistniejącym już paryskim pałacem Tuileries miejscem obrad rządu francuskiego w czasie Konsulatu. Napoleon mieszkał często w zamku aż do 1804 roku, kiedy przeniósł swoją siedzibę do Zamku w Saint-Cloud, większego od Malmaison i bardziej reprezentacyjnego, odpowiedniego dla tytułu nowego cesarza Francji.