Rajmund VII nie zdążył wyruszyć na krucjatę, zmarł 27 września 1249 roku. Pod nieobecność Joanny i Alfonsa Blanka objęła w zarząd hrabstwo Tuluzy. Rajmund zapisał wszystkie swoje posiadłości Joannie, jednak Alfons unieważnił ten zapis, gdyż zgodnie z postanowieniami traktatu paryskiego z 1229 roku, miał zagwarantowane objęcie wszystkich ziem Rajmunda po jego śmierci. Wkrótce po powrocie z Ziemi Świętej Alfonsa dotknął paraliż, dzięki pomocy żydowskiego lekarza odzyskał jednak częściową władzę w członkach. Joanna z mężem mieszkali głównie w Paryżu w pałacu nazwanym Hôtel d'Autriche.
Joanna i Alfons wyruszyli wraz z Ludwikiem także na jego drugą wyprawę krzyżową (1270) do Tunisu. Ta zakończyła się całkowitą klęską, w czasie jej trwania zmarł na dyzenterię Ludwik IX. W czasie powrotu do Francji 21 sierpnia 1271 roku zmarł też Alfons, przygotowując nową krucjatę, kilka dni po nim zmarła Joanna. Zostali pochowani w katedrze w Savonie. Nie mieli dzieci. Joanna, tak jak ojciec, sporządziła za wiedzą Alfonsa testament, datowany 23 czerwca 1270 roku, którym całość swych ziem, z wyłączeniem okręgu Venaissin, które zapisała bratu Alfonsa Karolowi Andegaweńskiemu, wtedy już królowi Sycylii, przekazywała swej krewniaczce Filipie z Lomagne, córce Arnaud Odona III wicehrabiego Lomagne i Auvillars.