Większość oddziałów AK została wkrótce rozbrojona przez Sowietów, natomiast „Bury” uniknął rozbrojenia. Po aresztowaniu dowódcy swojego oddziału przez NKWD, Rajs przejął dowództwo nad 3. Brygadą, którą skierował do Puszczy Rudnickiej, a po miesiącu ją rozwiązał.

W październiku 1944 roku przedostał się do Białegostoku, gdzie na przełomie listopada i grudnia zgłosił się do 4 Zapasowego Pułku Piechoty Ludowego Wojska Polskiego pod fałszywym nazwiskiem Jerzy Góral. Od stycznia 1945 roku dowodził 2 plutonem 4 Kompanii Samodzielnego Batalionu Ochrony Lasów Państwowych w Hajnówce. Do jego zadań należało zwalczanie kłusownictwa i ochrona lasów przed nielegalnym wyrębem. W maju 1945 roku skontaktował się z mjr. Zygmuntem Szendzielarzem, który na Białostocczyźnie odtwarzał w tym czasie 5. Wileńską Brygadę AK. Rajs zdezerterował wraz z 29 żołnierzami i przyłączył się do oddziału Szendzielarza. 9 maja 1945 roku został dowódcą 2. szwadronu 5. Brygady. Pod dowództwem „Burego” 2. szwadron przeprowadził kilka akcji bojowych, atakował pododdziały Armii Czerwonej, rozbrajał posterunki Milicji Obywatelskiej, likwidował komunistycznych aktywistów oraz agenturę UB. 27 czerwca zginął Antoni Subocz „Wesoły”;