Zmarł 28 maja 1941, tę datę podały siostry Kapucynki, powołując się na ks. Adama Zaleskiego, kapelana arcybiskupa. Podawana jest jeszcze data 20 czerwca 1941. Zgon Arcybiskupa władze niemieckie długo trzymały w tajemnicy. Dopiero w „L’Osservatore Romano” z 8 listopada 1941 (nr 261) podana została krótka wiadomość o śmierci arcybiskupa Antoniego Juliana Nowowiejskiego, biskupa płockiego w Działdowie, powtórzona następnie przez organ urzędowy „Acta Apostolice Sedis” z 21 listopada 1941: Dopiero teraz doszła wiadomość o zgonie Biskupa Płockiego w Działdowie w dniu 18 maja 1941. 18 listopada 1941 Radio Watykańskie podało do publicznej wiadomości, że liczący 84 lata arcybiskup umarł w ciężkim obozie koncentracyjnym w Działdowie. Według relacji więźniów obozu Soldau Arcybiskup podobno umarł na korytarzu przy upadku na podłogę. A ostatnie słowa, które wypowiedział brzmiały: „Nie płaczcie nade mną, ale nad Kościołem i Polską, ja już umieram, będę się wstawiał za wami do Boga”. Nie ustalono miejsca jego pochówku.
Odznaczenia, tytuły Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (8 listopada 1930) „za zasługi na polu naukowo-kulturalnem”. tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Warszawskiego Order św. Grzegorza (20 kwietnia 1934 r.