Ostatecznie 20 stycznia 1941 roku utworzono Ministerstwo Lotnictwa, wraz z formacją Narodowych Sił Powietrznych, które 22 maja 1941 przyjęły obowiązującą do dziś nazwę – Força Aérea Brasileira; FAB przejęła samoloty oraz personel lotnictwa armii – Aviação Militar – i lotnictwa marynarki – Aviação Naval.
Pomimo zachowywania neutralności przez Unię Panamerykańską względem działań II wojny światowej Brazylia, śladem USA, przystąpiła w 1942 roku do działań morskich na Atlantyku. 31 lipca 1943 brazylijskie Consolidated PBY Catalina i Lockheed Hudson zatopiły niemiecki okręt podwodny U-199. W 1944 25-tysięczny kontyngent wojsk lądowych i sił powietrznych wziął udział w działaniach na froncie włoskim. Brazylijskie lotnictwo wylatało tam ponad 6 tysięcy godzin, niszcząc ponad 2 tysiące pojazdów i obiektów wroga.