Po IV wyprawie krzyżowej i złupieniu Konstantynopola w 1204, Kościół grecki doznał prześladowań ze strony łacińskich okupantów. Po podbojach osmańskich w Europie w XV wieku, dalszy rozwój greckiego prawosławia przypadł pod tureckim panowaniem. W ramach systemu milletów greckim prawosławnym udzielono autonomię rum millet. Kościół odegrał znaczącą rolę w zachowaniu tożsamości narodowej i religijnej Greków, w tym w kolejnych ruchach niepodległościowych przeciwko TurcjiInformacja o chrześcijaństwie na terenie Grecji w: .
Ogłoszenie autokefalii i pierwsze lata funkcjonowania w niepodległej Grecji Autokefalia i jej zatwierdzenie Autokefalia Greckiego Kościoła Prawosławnego została ogłoszona 27 lipca 1833 bez porozumienia z patriarchą Konstantynopola. Miało to ścisły związek z polityką powstałej trzy lata wcześniej niepodległej Grecji. Regenci państwa, sprawujący władzę w imieniu Ottona I byli zdania, że polityka wyznaniowa władz świeckich powinna mieć całkowite poparcie przywódców religijnych. To wykluczało dalsze utrzymywanie się sytuacji, w której zwierzchnie władze Kościoła greckiego miały swoją siedzibę na terytorium Turcji.