duchownym zabroniono wszelkiej aktywności politycznej i nawiązywania kontaktów z władzami świeckimi lub kościelnymi z innych państw. Pierwszym przewodniczącym Synodu został metropolita Koryntu Cyryl. Oprócz niego hierarchię kościelną reprezentowali biskupi Teb Paisjusz, Thiry Zachariasz i Andrusy Józef. Króla reprezentował Konstantinos Schinas. Jednostronne ogłoszenie autokefalii przez Kościół grecki spotkało się z negatywną reakcją Rosji oraz części duchowieństwa.
Patriarchowie Konstantynopola początkowo nie uznali autokefalii Kościoła greckiego. Dopiero w 1849 patriarcha Antym IV spotkał się z jego przedstawicielem, zaś w roku następnym potwierdził legalność funkcjonowania Greckiego Kościoła Prawosławnego. Został on jedynie zobowiązany do konsultowania się z patriarchatem w najważniejszych sprawach.
Reforma Kościoła Królewska administracja dążyła do pełnego podporządkowania Kościoła strukturom państwowym. W listopadzie 1833 ogłoszono zamiar ograniczenia liczby biskupów do dziesięciu, tak, by była ona równa liczbie nomosów. Wobec faktu, że w tym samym roku liczba żyjących biskupów wynosiła ponad 40, władze ogłosiły zamiar wstrzymania chirotonii biskupich do momentu, gdy z powodu śmierci kolejnych hierarchów w Grecji pozostanie tylko dziesięciu biskupów.