Ostatecznie, w listopadzie 1944, mianowano go kierownikiem () kompleksu podobozów KL Dachau , a 1 lutego 1945 został przeniesiony do Norwegii w celu utworzenia i kierowania ostatnim obozem koncentracyjnym podlegającym Inspektoratowi Obozów Koncentracyjnych w Oranienburgu do Grini koło Oslo w Norwegii, który nazwano oficjalnie KL Mysen. Pozostał w nim do kapitulacji Niemiec 8 maja 1945. 11 czerwca 1945 został aresztowany przez specjalne służby brytyjskie w koło Oslo i w sierpniu 1945 został przesłuchany i osadzony w więzieniu Akershus, a następnie przewieziono go do obozu jenieckiego w Cagle koło Londynu. Ostatecznie przekazano go amerykańskiemu wymiarowi sprawiedliwości.
Przybył do Auschwitz-Birkenau w styczniu 1942 obejmując stanowisko kierownika obozu LagerfuhreraJanusz Gumkowski, Tadeusz Kułakowski, „Zbrodniarze hitlerowscy przed Najwyższym Trybunałem Narodowym”, Wydawnictwo Prawnicze, Warszawa 1965, s. 96.. W hierarchii służbowej był formalnie drugą osobą po komendancie – jego zastępcą. Od 1 lutego 1942 Aumeier zajmował stanowisko Schutzhaftlagerführera w obozie. Do zakresu jego obowiązków należało dbanie o porządek w obozie, czuwanie nad wyżywieniem i ubraniem więźniów oraz doglądanie spraw dotyczących ich przymusowej pracy. Praktycznie był panem życia i śmierci więźniów. Aumeier był sadystą i okrutnikiem.