Nauka historii biblijnych odbywała się w języku polskim, natomiast pieśni pochodziły z niemieckiego śpiewnika.
Do idei budowy własnej świątyni powrócono po uroczystości poświęcenia kościoła w Wiśle Malince w 1956. Zwołany został komitet budowy oraz rozpoczęto zbiórkę funduszy.
W 1962 w budynku szkoły została urządzona sala nabożeństw, mieszcząca 100 osób. Nabożeństwa prowadzono tam w każdą niedzielę i święta. Odbywały się też lekcje religii. Z czasem wprowadzono również nabożeństwa adwentowe i pasyjne.
Podczas obrad Synodu Kościoła w 1966 odbywały się rozmowy na temat podziału dużych parafii, omówiony został też przypadek Cisownicy. Z racji zamieszkania wsi przez 250 rodzin ewangelickich, propozycja utworzenia własnej parafii została przyjęta pozytywnie. 22 stycznia 1967 został wysłany list do biskupa kościoła ks. Andrzeja Wantuły na temat usamodzielnienia się Cisownicy od parafii w Ustroniu. Zorganizowano też kolejne spotkanie w sprawie budowy obiektu kościelnego.
Prace budowlane miały miejsce w latach 1976-1981. Uroczystość poświęcenia Kościoła Jana Chrzciciela przez biskupa kościoła ks. Janusza Narzyńskiego miała miejsce 21 czerwca 1981.
Do utworzenia samodzielnej parafii w Cisownicy doszło ostatecznie w 1986ox.pl - Kościoły Śląska Cieszyńskiego.