Gdyby czterej wymienieni bracia Pańscy byli synami rodzonymi Marii z Nazaretu, zapewne Jezus na krzyżu nie powierzyłby swej Matki opiece swego umiłowanego ucznia Jana: Oto matka Twoja (J 19,27).

Niektórzy autorzy żydowscy oraz teolodzy z kręgu protestantów liberalnych interpretują ten fragment jako mówiący o braciach rodzonych Jezusa.

Wtedy, gdy Jan Ewangelista mówi o niewierze braci Jezusa, jednym z nich mógł być Jakub Młodszy:

Dopiero gdy Jezus ukazał mu się jako zmartwychwstały (1 Kor 15,7) życie wiary Jakuba całkowicie się zmieniło, poddał się łasce. Jakub Mniejszy stał się główną postacią Kościoła jerozolimskiego. W Ga 1,19 Apostoł Paweł nazywa go bratem Pańskim a w Ga 2,9 wymienia razem z Kefasem i Janem jako „filary”. W Dz 12,17, Piotr, chciał aby o jego cudownym uwolnieniu z więzienia powiedziano Jakubowi. Według Dz 15 Jakub odgrywał czołową rolę na Soborze Jerozolimskim, który zebrał się by rozpatrzeć spór, który powstał w Antiochii Syryjskiej dotyczący stosowania Prawa do nawróconych pogan. Mimo iż Jakub przewodził tej części Kościoła, która była bardziej przywiązana do tradycji judaizmu, zgadzając się ze stanowiskiem Pawła opowiedział się za rozwiązaniem liberalnym wobec braci z pogaństwa (Dz 15,13–21).