Jej zwierzchnikiem w obozie był tylko Rudolf Höss. Mandel kontrolowała żeńskie podobozy KZ Auschwitz w miejscowościach Hindenburg, Lichtenwerden- okolice Mařenic w Czechach, Budy i Rajsko w okolicy Oświęcimia. Jej władza nad więźniarkami i podwładnymi była absolutna.
W czasie służby w Auschwitz-Birkenau własnoręcznie podpisała rozkazy posyłające na śmierć w komorach gazowych około 500 tysięcy kobiet i dzieci: Żydów, Cyganów, Polaków oraz więźniów politycznych wielu narodowości. Niezależnie od tego swoim zachowaniem w obozie zasłużyła sobie na pseudonim „Bestii”. Za jej rządów w Brzezince topiono i palono żywcem w piecach noworodki i kilkumiesięczne dzieci. Znany był w obozie przypadek, gdy Mandel kazała nowo narodzone dziecko wyrzucić na dwór, gdzie zjadły je szczury. Osobiście dokonywała selekcji chorych więźniarek, przeznaczając je na śmierć w komorach gazowych. Prześladowała też okrutnie kobiety ciężarne, posyłając je na śmierć przez zastrzyk fenolu, wykonywany przez zbrodniarzy: lekarza SS Friedricha Entressa oraz sanitariuszy SS (zwłaszcza Josefa Klehra). Oprócz tego wyznaczała kobiety i dzieci do pseudomedycznych eksperymentów prowadzonych przez lekarzy SS. Niezliczone są też przypadki maltretowania i bicia więźniarek przez Marię Mandel. Potrafiła katować chorą umysłowo więźniarkę tak długo, póki jej nie zabiła.