Decyzję co do ich losów podejmowali na podstawie dokumentów konsultanci Komitetu Rzeszy. W przypadku decyzji o zabiciu dziecka (zwykle poprzez wstrzyknięcie śmiertelnej dawki barbituranów lub morfiny) zastrzyk wykonywał personel pielęgniarski i lekarski jako zwykły zabieg medyczny, oficjalnie np. jako „szczepienie”.
Mózgowia osób (a zwłaszcza dzieci) zgładzonych w ramach akcji T4 wraz z dokumentacją kliniczną często kierowano do placówek neuropatologicznych i tworzono z nich specjalne „kolekcje” jako przedmiot badań naukowych. Jeszcze wiele lat po wojnie publikowano prace naukowe, opierając je na danych zgromadzonych w tych „kolekcjach”.
Po zakończeniu kampanii wrześniowej, już w 1939 r., „Akcja T 4” została rozszerzona na pacjentów i pensjonariuszy szpitali psychiatrycznych i ośrodków opieki z terenów okupowanych i włączonych do Rzeszy. Tu, ponieważ mniej krępowano się względami utrzymania tajemnicy, dokonywały tego oddziały SS i policji.