Wymagania okupanta, dotyczące zakresu legalnego nauczania w szkołach Generalnego Gubernatorstwa, określał program polityki narodowościowej opracowany przez E. Wetzla i G. Hechta, na podstawie wytycznych Adolfa Hitlera:
Budynek przy ul. Wiejskiej nie został zniszczony w czasie nalotów Luftwaffe, jednak został zajęty przez wojsko niemieckie.
Część wyposażenia szkoły uczennice przeniosły m.in. do niedaleko położonej szkoły im. Cecylii Plater przy ul. Pięknej 24. Wkrótce i ten lokal zajęli Niemcy i nauka odbywała się w wynajętych mieszkaniach przy ul. Chocimskiej 3 i Narbutta 17, a po zarekwirowaniu tych mieszkań – przy ul. Królewskiej 35 (w gimnazjum p. Tymińskiej). Gdy zażądano połączenia szkoły Kowalczykówny i Jaworkówny ze szkołą podstawową Bronisławy Stopczykowej przy ul. Hożej 64, dostosowano się do tych zaleceń tylko formalnie.
W roku szkolnym 1942/1943 szkolnictwo średnie zostało całkowicie zastąpione szkołami zawodowymi, do czego dostosowano się również tylko pozornie, kontynuując nauczanie w szerszym zakresie. Posiadanie legitymacji takich szkół zabezpieczało przed wywiezieniem na roboty przymusowe do Niemiec po ukończeniu 16 lat.