Historia Okolice miasta były zamieszkane już w neolicie. W XI wieku teren ten mógł razem z resztą dzisiejszej Słowacji zostać przyłączony krótkotrwale do Polski przez Bolesława Chrobrego, jednak po jego śmierci obszar definitywnie wrócił pod panowanie Królestwa Węgier. U schyłku XII w. na skutek akcji kolonizacyjnej powstał tutaj klasztor cystersów, założony przez zakonników przybyłych z Polski.
Pierwsza pisemna wzmianka o Bardejowie, którą tworzy zapis w tzw. Kronice Ipatijewskiej, pochodzi z 1241. Kolejna wzmianka pisemna, której kopia znajduje się w bardejowskim Archiwum Powiatowym, pochodzi z roku 1247. W dokumencie tym król Bela IV rozstrzyga spory, zaistniałe między niemieckimi osadnikami z Preszowa a bardejowskimi cystersami. Wymienieni są oni jako fratres de Copryvnicia Cisterciensis ordinis, co wskazuje, że zostali oni na te tereny sprowadzeni przez władców węgierskich z Koprzywnicy w ziemi sandomierskiej, gdzie od 1185 r. istniało ich opactwoEugeniusz Janota: Bardyjów. Historyczno-topograficzny opis miasta i okolicy, Kraków 1862, s. 131-133.