W celu ochrony zasobów rybnych w ramach wspólnej polityki rybołówstwa Unii Europejskiej stosuje się specjalny instrument: globalne kwoty połowowe (ilość ryb, którą można odłowić z danego zasobu w określonym czasie), przydzielane każdemu państwu członkowskiemu i tworzące tym samym narodowe kwoty połowowe.
Obszary działania Ochrona zasobów morskich i wspólna organizacja rynku rybnego Wspólna organizacja rynku rybnego Unii Europejskiej opiera się na: jednolitych standardach produktów rybołówstwa pochodzenia wspólnotowego ochrona zasobów przed przełowieniem zrównoważona eksploatacja żywych zasobów wodnych z biologicznego, środowiskowego i gospodarczego punktu widzenia zapewnienie konsumentom i przemysłowi przetwórczemu regularnych dostaw po rozsądnych cenach tworzeniu organizacji producentów, które reprezentują interesy rybaków wspólnotowych stosowaniu cen minimalnych, poniżej których nie wolno sprzedawać produktów rybołówstwa tworzeniu zasad wymiany handlowej z krajami spoza Wspólnoty.
Polityka strukturalna Ważną rolę w finansowaniu zadań związanych z rozwojem rybołówstwa, gospodarką zasobami rybnymi, zmianami strukturalnymi w tym sektorze oraz rewitalizacją obszarów morskich odgrywa utworzony w 1993 roku fundusz strukturalny, obecnie pod nazwą Europejski Fundusz Morski, Rybacki i Akwakultury (EFMRiA).