W latach 90. XX wieku, w czasach transformacji ustrojowej, przeorientowano zakres zadań Nadwiślańskich Jednostek MSWiA, skupiając się w większym stopniu na ochronie obiektów rządu i państwa, Sejmu i Senatu, w tym na ochronie pirotechnicznej, oraz poszerzając zakres zadań o ochronę zagranicznych placówek dyplomatycznych w Polsce i polskich misji dyplomatycznych i konsularnych za granicą, a także na działaniach antyterrorystycznych. W ramach prowadzonego systemu ochrony NJW MSWiA dysponowało stałymi posterunkami wartowniczymi oraz dokonywało pieszych i zmotoryzowanych patroli. Na terenie ochranianych obiektów NJW MSWiA przeprowadzały rozpoznania radiologiczne, chemiczne i pirotechniczne oraz w przypadku wykrycia któregoś z ww. zagrożeń były odpowiedzialne za jego neutralizację, np. materiału wybuchowego.
Żołnierze NJW MSWiA ochraniający obiekty posiadali od 1996 r. uprawnienia Policji, umożliwiające im podejmowanie interwencji wobec osób naruszających prawo, np. zakłócających porządek publiczny czy dokonujących kradzieży w rejonach pełnionej przez nich służby.