W sezonie 1929/30 klub zdobył pierwszy oficjalny tytuł mistrza Grecji.
W 1979 roku klub piłkarski odłączył się od Stowarzyszenia i został przekształcony w niezależną strukturę zawodowego klubu sportowego.
Nowy kryzys dotknął klub, gdy 20 grudnia 2010 prezes klubu Nikos Pateras podał się do dymisji, po raz drugi w ciągu 6 miesięcy (po raz pierwszy zrezygnował z przewodnictwa w marcu 2010 roku, ale wtedy po trzech miesiącach wrócił, po czym wznowiono pełne finansowanie klubu). Jednak inni główni akcjonariusze klubu odmówili przejęcia kierownictwa klubem. Nikos Pateras proponował na prezesa Adamantiosa Polemisa, ale zatwierdzony został Ioannis Vekris. W 2011 z powodu problemów finansowych i nieporozumień w kierownictwie, Zarząd postanowił zmniejszyć budżet i sprzedać wielu graczy. W 2012 roku właściciel Skai TV, Giannis Alafouzos, opracował plan sprzedaży akcji Vardinogiannis (54,7%) i udostępnił je fanom w całej Grecji, aby Panathinaikos mógł przezwyciężyć kryzys.
Sukcesy Trofea międzynarodowe
Trofea krajowe
Mistrzostwa SEAGS: mistrz (3x): 1908, 1910, 1911 Puchar Bałkanów: zdobywca (1x): 1978