W roku 2005, usamodzielnione decyzją Ministra Kultury, otrzymało status państwowej instytucji kultury, a od roku 2007 działa jako placówka muzealna.
W realizacji tego planu Andrzeja Wajdę wsparły władze Krakowa oraz rząd Japonii (pomoc ambasadora Nagao Hyōdo). Do powstania muzeum przyczynili się także przyjaciele reżysera z Fundacji Kyoto-Kraków Andrzeja Wajdy i Krystyny Zachwatowicz. Około miliona dolarów przekazał na budowę centrum Związek Zawodowy Kolei Wschodniej Japonii (z przewodniczącym Akirą Matsuzakim).
Projekt koncepcyjny wykonał i podarował Fundacji Kyoto-Kraków japoński architekt Arata Isozaki. Z biurem Isozakiego po stronie polskiej współpracował architekt Krzysztof Ingarden, Jacek Ewý i JET Atelier. Jest to bardzo nowoczesny obiekt, odwołujący się jednak do dawnej sztuki japońskiej. W centrum znajdują się sale wystawowe oraz konferencyjne. Oprócz stałej ekspozycji organizowane są także wystawy czasowe (związane ze sztuką, kulturą i techniką japońską). Ponadto instytucja prowadzi kursy parzenia herbaty, układania kwiatów (ikebana) oraz kursy języka japońskiego.