Drugim dojo w Japonii stał się dom Yajirō Shinagawy, oddany do dyspozycji Kanō w trakcie jego nieobecności w Japonii. Dojo to posiadało 40 mat do treningu. Jednak do 1889 r. liczba adeptów judo nie przekraczała nadal 100. W trakcie treningów Jigorō zasłynął jako bardzo wymagający trener. Preferował on techniki tachi-waza (stojąc) od ne-waza (parter) aczkolwiek jego uczniowie i asystenci trenowali również bardzo intensywnie ne-waza, aby być w stanie pokonać rywali z ju-jitsu.
Jigorō Kanō od 1885 roku (mając 25 lat) sprawował funkcję dyrektora elitarnej szkoły Gakushūin, kładąc podstawy nowoczesnej edukacji w Japonii. W 1892 roku wyjechał do Chin, podpisując z tamtejszym rządem umowę umożliwiającą naukę chińskim studentom w Japonii. Równolegle, aż do roku 1894 osobiście zarządzał sprawami szkoły judo, kiedy to założył Radę Kodokanu.
W 1891 roku Jigorō ożenił się z Sumako, najstarszą córką Seiseia (Shin'ichirō) Takezoe – ambasadora Japonii w Korei. Mieli dziewięcioro dzieci – sześć córek i trzech synów, w tym Riseia, który stał się głową Kodokanu i Japońskiej Federacji Judo.