Pierwszy zachowany plan organizacyjny Magistratu w okresie niemieckiej okupacji podczas II wojny światowej pochodzi z 27 września 1939 roku. Urząd miał wówczas układ charakterystyczny dla podziałów kompetencyjnych w niemieckich miastach powiatowych, tzw. decernatowy. Od lutego 1940 roku działało w Katowicach 9 decernatów, a na czele Magistratu stał nadburmistrz.
Po wyzwoleniu Katowic z niemieckiej okupacji, na przełomie stycznia i lutego 1945 roku zaczął w mieście funkcjonował Zarząd Miejski. Został podzielony na 6 wydziałów: ogólny, administracyjny, finansowy, społeczny, techniczny, przedsiębiorstw miejskich oraz samodzielny referat inspekcji. Podział ten obowiązywał on do 1947 roku, kiedy to prezydent Katowic Aleksander Willner zatwierdził nowy statut i regulamin, który zwiększał liczbę wydziałów zarządu do 11. 20 marca 1950 roku Sejm PRL uchwalił ustawę znoszącą m.in. stanowiska prezydentów miast. Wprowadzała ona jednolity system, oparty na wybranych przez mieszkańców radach podporządkowanych hierarchicznie Radzie Państwa.