W październiku 1918 Fajsal ustanowił w Damaszku pierwszy syryjski rząd i mianował al-Kuwwatli jednym ze swoich urzędników. Gdy w 1920 Francuzi obalili arabski rząd i ustanowili Mandat Syrii i Libanu, Al-Kuwwatli został skazany na karę śmierci. Uciekł do Egiptu, a następnie do Szwajcarii, gdzie był jednym ze współzałożycieli Syryjsko-Palestyńskiego Kongresu na Wygnaniu. W 1924 powrócił do Syrii i wziął udział w buncie arabskim w latach 1925-1927. Został ponownie aresztowany i w 1927 skazany. W 1932 w wyniku amnestii opuścił więzienie i dołączył do Syryjskiej Partii Socjalno-Narodowej, będącego koalicją arabskich partii politycznych działających na rzecz utworzenia Wielkiej Syrii. Był bliskim współpracownikiem późniejszego pierwszego syryjskiego prezydenta Haszima al-Atasiego.
thumb|left|160px|Szukri al-Kuwwatli i Gamal Abdel Naser, 1956 Okres II wojny światowej był niezwykle niestabilny dla sytuacji w Syrii. Krzyżowały się tutaj interesy brytyjskie z francuskimi. W tej złożonej i niezwykle skomplikowanej sytuacji, 17 sierpnia 1943 Szukri al-Kuwwatli został prezydentem Syrii. Był to wyraz dominującej pozycji arabskich nacjonalistów w społeczeństwie syryjskim. Al-Kuwwatli z brytyjską pomocą osiągnął wycofanie w 1946 wszystkich zagranicznych wojsk z terytorium Syrii.