Parafie kościoła Do kościoła należy 18 parafii. Biskup Kościoła rezyduje przy parafii w Charkowie. parafia w Aleksandrii parafia Zbawiciela w Berdiańsku parafia Przemienienia Pańskiego w Białej Cerkwi parafia Wniebowstąpienia w Charkowie parafia w Doniecku parafia św. Katarzyny w Kijowie parafia św. Marcina w Kijowie filiał w Andriejewce (rejon makarowski) parafia w Krzemieńczuku parafia Trójcy Świętej w Krzywym Rogu parafia w Nowohradkiwce parafia św. Pawła w Odessie parafia św. Piotra w Petrodołynśke parafia „Zgoda“ w Połtawie parafia „Zbawienie“ w Szostce parafia w Winnicy parafia w Zaporożu parafia świętych Piotra i Pawła w Zmijewce (obwód chersoński) parafia w Żytomierzu
Z kościołem stowarzyszone są również cztery kościoły (parafie) ewangelicko-reformowane, będące częścią Konfederacji Ewangelicznych Kościołów Reformowanych. W 2022 miały one formalnie wejść w skład Niemieckiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego Ukrainy, jednak przyjęcie tego aktu przez Synod zostało uniemożliwione przez inwazję Rosji na Ukrainę. Należą do nich: Kościół św. Trójcy w Iwano-Frankiwsku Kościół św.