Siedzibą władz kościoła stała się Odessa. Po tym, jak tamtejszy kościół i sąsiadujący z nim budynek probostwa przeszły na własność kościoła, partnerzy niemieccy przystąpili do rekonstrukcji kompleksu. Prace w dawnym probostwie ukończono w 2002 i przekształcono je na siedzibę administracji kościoła oraz jego biskupa. Mieściło ono również kaplicę, w której rozpoczęto prowadzenie nabożeństw w języku niemieckim oraz rosyjskim. Kościół św. Pawła w Odessie został odbudowany w latach 2005-2010.
W 1996 w kościele doszło do rozłamu na tle kwestii ordynacji kobiet na księży. Sprzeciwiający się jej superintendent Viktor Gräfenstein w styczniu 1996 wystąpił z Niemieckiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego Ukrainy, pociągając za sobą część członków parafii w Odessie. Później dołączyła do niego również część zborowników z Jałty i Mikołajowa. Powołał on osobny związek wyznaniowy, który początkowo przyjął nazwę Braterska Misja Ewangelicko-Luterańska (ros. Братская Евангелическо-Лютеранская Миссия), zmienioną później na Stowarzyszenie Braterskich Kościołów Ewangelicko-Luterańskich Ukrainy (ros. Объединение Братских Евангелическо-Лютеранских Церквей Украины), a w 2006 ostatecznie na Synod Kościołów Ewangelicko-Luterańskich Ukrainy (ros.