Po zwycięstwie w barażu z zespołem Zakarpattia-ZAKHU Użhorod uzyskał prawo gry w najwyższej klasie rozgrywkowej.
W 2006 roku klub nawiązał współpracę z Winnickim Państwowym Uniwersytetem Rolniczym (ukr. Вінницький державний аграрний університет, Winnyćkyj derżawnyj ahrarnyj uniwersytet) i przyjął nazwę SDJuSSz-WDAU Winnica.
W sezonie 2009/2010 klub zadebiutował w Superlidze. Zajął w niej przedostatnie - 6. miejsce i ponownie został relegowany do Wyższej Ligi. Od stycznia 2010 roku klub występował pod nazwą SDJuSSz-Micnyj horiszok Winnica. W sezonie 2010/2011 został wicemistrzem Wyższej Ligi, uzyskując prawo gry w barażach o Superligę, w których uległ zespołowi Burewisnyk-SzWSM Czernihów. W sezonie 2011/2012 ponownie zmagania w Wyższej Lidze zakończył na 2. miejscu, w barażach o Superligę przegrał natomiast z klubem Nowator Chmielnicki. W tym sezonie klub występował pod nazwą SDJuSSz-WNAU Winnica.