Urząd patriarchy moskiewskiego i całej Rusi objął w 1606, po usunięciu z niego Ignacego, współpracującego z Dymitrem Samozwańcem I. Objęcie przezeń najwyższej godności w hierarchii Cerkwi rosyjskiej było możliwe dzięki poparciu cara Wasyla Szujskiego. Do obalenia Szujskiego w 1610 Hermogen wspierał swoim autorytetem jego władzę, m.in. potępiając powstanie Bołotnikowa i działalność Dymitra Samozwańca II. Po upadku Szujskiego patriarcha wzywał do wyboru nowego cara spośród Rosjan, zgadzając się na objęcie tronu przez polskiego królewicza Władysława Wazę jedynie po przyjęciu przezeń powtórnego chrztu prawosławnego. Po śmierci drugiego Samozwańca, gdy Hermogen zorientował się, że scenariusz taki jest nierealny, a na nowego cara chciałby koronować się król polski Zygmunt III Waza, wezwał Rosjan do zbrojnego oporu przeciwko polskiej interwencji w Rosji. W gramotach kierowanych do poszczególnych miast rosyjskich przedstawiał walkę z Polakami jako jedyną drogę ratunku dla Rosji oraz świętą wojnę prawdziwej wiary – prawosławia – z herezją katolicyzmu. Po zebraniu się pod Moskwą pierwszego pospolitego ruszenia przeciwko Polakom i wybuchu rozruchów w stolicy w końcu marca 1611 Hermogen odmówił potępienia powstańców, za co został w kwietniu tego samego roku uwięziony w Monasterze Czudowskim.