Szujski zamierzał początkowo poprzeć kandydaturę metropolity rostowskiego Filareta (Romanowa), zmienił jednak zdanie z powodu jego dawnego poparcia dla Samozwańca, z powodu jego związków z Szeremetiewymi czy też pod wpływem wymierzonych przeciwko sobie zamieszek, o których organizację podejrzewał Romanowów. Usunięty ongiś przez Samozwańca patriarcha Hiob jeszcze żył, nie był jednak w stanie z powodu wieku i stanu zdrowia wrócić na urząd; poparł natomiast wybór Hermogena. Intronizacja nowego patriarchy odbyła się 3 lipca 1606 w soborze Zaśnięcia Matki Bożej na Kremlu moskiewskim według tego samego rytu, który został wykorzystany przy intronizacji patriarchy Hioba i przewidywał m.in. powtórzenie obrzędu chirotonii biskupiej. Zgodnie z tradycją car przekazał hierarsze w darze panagię i biały kłobuk, najstarszy chirotonią metropolita Izydor wręczył mu żezł metropolity kijowskiego Piotra, zaś po zakończonej intronizacji nowy patriarcha objechał na ośle mury Kremla.