Był pracownikiem Rady Komisji Odbudowy Kraju i Racjonalnego Budownictwa Tymczasowej Rady StanuWłodzimierz Suleja, Tymczasowa Rada Stanu, Warszawa 1998, s. 223..

Po wycofaniu się Rosjan z Warszawy (zajęciu jej przez Niemców) Wóycicki związał się z reaktywowanym Uniwersytetem Warszawskim. W latach 1916–1939 był profesorem anatomii i cytologii. Pełnił też funkcję przedstawiciela Wydziału w senacie akademickim (1915–1917). Po nominacji na profesora zwyczajnego botaniki ogólnej został dziekanem Wydziału Filozoficznego (rok akademicki 1919/1920).

Wóycicki był również dyrektorem Ogrodu Botanicznego UW (1916–1919) oraz organizatorem Warszawskiego Towarzystwa Botanicznego (w latach 1922–1925 pełnił funkcję przewodniczącego).

11 listopada 1937 otrzymał Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski „za zasługi na polu pracy naukowej”..

Tematyka prac naukowych Wyniki pierwszych prac naukowych, dotyczących rozmnażania się organizmów roślinnych, Wóycicki publikował na łamach „Wszechświata" (od 1899 roku). Tematyką zapładniania i rozwoju interesował się również w kolejnych latach – badał np. procesy zapłodnienia u Larix, Chara foetida, Basidiobolus ranarum, Yucca recurva, Tropaeolum.