Następnie został Przewodniczącym Regionalnego Komitetu Rad w Finlandii i przewodniczącym Centralnego Komitetu Floty Bałtyckiej w latach 1917–1918.
Okres rewolucji październikowej i wojny domowej W czasie pobytu w Finlandii utrzymywał kontakty z Leninem, znajdującym się w tym czasie w Helsingforsie. Aktywnie uczestniczył w przygotowaniu powstania październikowego w Piotrogradzie. 25 października 1917 roku, w dniu powstania, zorganizował transport wojsk wiernych bolszewikom z Finlandii do Piotrogradu. Od końca 1917 do 1918 roku był pełnomocnikiem RFSRR w Finlandii. Był jednym z głównych organizatorów rewolucyjnego ruchu w Finlandii, ale po klęsce w początkach 1918 roku wrócił do Piotrogradu.
W okresie od 1918 do 1921 roku Smilga jest kolejno członkiem Rewolucyjnego Komitetu wojennego frontów: Zachodniego, Południowego, Kaukaskiego i Krymskiego. Uczestniczył w rozbiciu wojsk białogwardyjskich Kaledina i Denikina, oddziałów powstańczych na Kaukazie, Uralu i Syberii, a także kontrrewolucyjnego buntu w stanicy Wieszeńskaja. Wraz z Michaiłem Tuchaczewskim, jako komisarz polityczny, dowodził Frontem Zachodnim w czasie wojny polsko-bolszewickiej w 1920 roku.