Pod koniec lat 80 XX w. nastąpiła rozbudowa jednostki w związku ze zlikwidowaniem Biura RKW MSW. Na podstawie zarządzenia organizacyjnego nr 0398 ministra z 5 października 1989 r. radiokontrwywiad włączony został do Biura „A” MSW jako jego cztery nowe wydziały. Zmiany dotyczyły również niektórych struktur terenowych, ponieważ 16 października 1989 r. w WUSW w Gdańsku i Szczecinie (po połączeniu wydziałów RKW z samodzielnymi sekcjami „A”) zorganizowano wydziały „A”.
W ostatnim okresie funkcjonowania na mocy zarządzenia organizacyjnego nr 0196 ministra z 9 lutego 1990 r. komórka otrzymała (z dniem 16 lutego 1990 r.) nazwę Biuro Szyfrów MSW. Jego struktura przedstawiała się wtedy następująco:
Wydział I (łączność szyfrowa MSW) Wydział II (kryptografia) Wydział III (dokumenty szyfrowe i klucze utajniające na potrzeby MSW, MON i MSZ) Wydział IV (łączność szyfrowa MSZ – wydział niejawny, działający oficjalnie jako Wydział Szyfrowy Departamentu Łączności MSZ) Wydział V (technika kryptograficzna) Wydział VI (kryptoanaliza) Wydział VII (nasłuch radiowy przedstawicielstw dyplomatycznych) Wydział VIII (organizacyjno-ogólny) Wydział IX (całodobowy nasłuch radiowy w zakresie fal krótkich) Wydział X (zabezpieczenie techniczne) Wydział Inspekcji Samodzielna Sekcja „S” (łączność szyfrowa na potrzeby Departamentu I MSW) Sekcja