Został pochowany przez Brytyjczyków na polu walki na Bunker Hill w zbiorowej mogile krótko po bitwie. Jego ciało zostało ekshumowane i pochowane z honorem 10 miesięcy później, został rozpoznany po dwóch sztucznych zębach przez Paula ReveraMoże to być pierwszy odnotowany przypadek kryminalistycznej identyfikacji dentystycznej.. Jego ciało zostało złożone obok Spichlerza Burial Ground (Tremont Street, Boston), a później (w 1825) w kościele św Pawła, aż wreszcie 3 sierpnia 1855 jego prochy zostały przeniesione do rodzinnego grobowca w Forest Hills Cemetery. 8 kwietnia 1777 roku miał stanąć na grobie generała pomnik ale nigdy tak się nie stało. Jego śmierć postrzegana jest przez wielu Amerykanów jako akt męczeństwa.
Dziedzictwo Hrabstwa w 14 stanach oraz 30 miast w USA zostało nazwanych na jego cześć, podobnie jak 5 statków Continental Navy i United States Navy.
Rachunek na część kwoty otrzymanej jako wynagrodzenie za pracę w szkole, z podpisem jego matki znajduje się w archiwum szkoły w Roxbury.
W 1761 opublikowano w Bostonie zbiór 31 wierszy które zostały napisane przez absolwentów Harvardu, pt. Pietas et Gratulatio, są wśród nich wiersze autorstwa dr. Josepha Warrena ale nie został on wymieniony wśród autorów.