Po zagraniu melodii na okarynie królowi Goronów, zwanego Darunią, ten decyduje się nam zaufać i prosi o uwolnienie kopalni kamieni (skąd czerpane jest pożywienie) od stwora, który tam się rozpanoszył – Króla Dodongo (King Dodongo). Po wykonaniu tego zadania Darunia i Link stają się braćmi krwi (Sworn Brothers), dostajemy też kolejny kamień – Rubin Goronów (Goron's Ruby). Link udaje się do siedziby wodnego ludu Zora (Zora's Domain). Na miejscu okazuje się, że córka króla Zory, księżniczka Ruto, została połknięta przez Lorda Jabu-Jabu (żywe bóstwo ludu Zora) podczas karmienia. Link udaje się do wnętrza Jabu-Jabu (Jabu-Jabu's Belly) i ratuje księżniczkę Ruto przed potworem Barinade; ta daje mu trzeci kamień – Szafir Zory (Zora's Sapphire) w ramach... prezentu zaręczynowego. Link wraca do zamku Hyrule; widzi, że księżniczka Zelda wraz z Impą ucieka przed Ganondorfem. Zelda w ostatnim momencie wrzuca do fosy jakiś przedmiot, który Link po wyłowieniu identyfikuje jako Okarynę Czasu (Ocarina of Time). Dzięki niej i trzem kamieniom otwiera Wrota Czasu w Świątyni Czasu, gdzie czekać ma Trójmoc... Jednak tu pojawia się niespodzianka – Po wyjęciu z piedestału Miecza Mistrza (Master Sword) przez Linka Ganondorf zagarnia ją dla siebie.