Link wraca do wioski Kakariko, która cała stoi w płomieniach. Niedaleko studni stoi Sheik i Link chce z nim porozmawiać, jednak Sheik zostaje zaatakowany przez cień, który wypełzł ze studni. Link rusza na pomoc, jednak przegrywa i traci świadomość. Kiedy się budzi, padający deszcz już gasi płomienie, a Sheik wyjaśnia, że oto wydostał się kolejny groźny potwór – jednak Link nie jest w stanie dotrzeć do Świątyni Cienia (Shadow Temple), gdzie skrył się nowy wróg. Impa wyruszyła by odnowić złamane pieczęcie, a Link musi cofnąć się w czasie, by znaleźć Lupę Prawdy (Lens of Truth) i móc przejrzeć iluzje w Świątyni Cienia. Link jako dziecko udaje się do studmi w wiosce Kakariko i znajduje Lupę Prawdy, by potem – już jako dorosły – wkroczyć do Świątyni Cienia. Na jej końcu pokonuje utworzoną z cienia bestię – Bongo Bongo. Impa budzi się jako Mędrzec Cienia (Sage of Shadow). Link podróżuje w rodzinne strony Ganondorfa – do Fortecy Gerudów (Gerudo Fortress), gdzie po kilku perypetiach zyskuje szacunek żyjących tam Gerudanek i przekracza pustynię – Nawiedzone Pustkowie (Haunted Wasteland), by dotrzeć do Pustynnego Kolosa (Desert Colossus) – miejsca, gdzie zniajduje się ostatnia świątynia – Świątynia Ducha (Spirit Temple).