Okres II wojny światowej W roku 1939, przed wybuchem II wojny światowej, ukończyła kurs ratownictwa sanitarnego – była sanitariuszką w szpitalu Czerwonego Krzyża w czasie obrony Warszawy. W latach okupacji niemieckiej nadal – do chwili wybuchu powstania warszawskiego – pracowała w szkole J. Kowalczykówny, prowadziła tajne komplety (gimnazjalne i uniwersyteckie) i działała w Armii Krajowej, m.in. uczestnicząc w kolportażu prasy podziemnej.
W czasie powstania Niesiołowska-Rothertowa (ps. „doktor Zofia”) kierowała patrolem sanitarnym 3 kompanii II Rejonie Obwodu I AK (Śródmieście południowo-wschodnie). Za udział w powstaniu została odznaczona Krzyżem Walecznych.
Po upadku powstania należała do personelu szpitala AK (kierowanego przez Stanisława Zameckiego), który został ewakuowany do Zalesia Dolnego. Uczestniczyła w działaniach zespołów Stanisława Lorentza (grudzień 1944) i Wacława Borowego (styczeń–luty 1945), ratujących księgozbiory warszawskich bibliotek, m.in. Biblioteki UW.