Filozofia przyrody Zajączkowic był eklektykiem, łączącym dwa nurty filozoficzne: „filozofię starą” (scholastyczny arystotelizm) i „nową”. Do tej drugiej zaliczał różne stanowiska filozofii nowożytnej (René Descartes, Pierre Gassendi, Bernardino Telesio), nowożytnie odczytanych autorów starożytnych (np. Platon, Pitagoras czy Lukrecjusz), takich nowożytnych przyrodników jak Galileusz, Mikołaj Kopernik czy Francis Bacon, a w medycynie Paracelsusa i Johann Helmont. Starał się łączyć te dwa skonfliktowane nurty filozoficzne, skłaniając się raczej ku stanowisku nowemu. W szczególności, krytykował czysto teoretycznych rozważań scholastyków i bronił empirycznego podejścia w medycynie. Był zwolennikiem rozwoju naukowych metod badawczych, opartych na doświadczeniu i eksperymencie. Podstawą wiedzy medycznej miało być „nie budzące wątpliwości świadectwo oczu oraz stałe, po tysiąckroć razy przeprowadzane doświadczenie”Jan Dominik Zajączkowic, Pochwała eklektyzmu, w: 700 lat myśli polskiej. Filozofia i myśl społeczna XVII wieku, t. II, 1979, s. 328.. Jego podejście do badań było charakterystyczne dla wczesnej nowożytności. Łączyło badania empiryczne z ezoteryką, alchemią, magią i astrologią, w dużej mierze pod wpływem Paracelsusa i Helmonta.