25 lutego 1990 arcybiskup możajski Grzegorz wyświęcił go na diakona, zaś 27 sierpnia tego samego roku – na kapłana. Do 1992 służył w cerkwi Trójcy Świętej w Lubiercach, następnie w cerkwi Przemienienia Pańskiego w Bałaszysze. Od 1998 był dziekanem okręgu bałaszyskiego eparchii moskiewskiej obwodowej, od 2011 także sekretarzem prasowym tejże eparchii. 28 września 2011 złożył wieczyste śluby mnisze przed metropolitą krutickim i kołomieńskim Juwenaliuszem, przyjmując imię Mikołaj na cześć św. Mikołaja Japońskiego.
5 października 2011 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego nominował go na biskupa bałaszyskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej obwodowej. W związku z tą decyzją 9 października tego samego roku został podniesiony do godności archimandryty. Jego chirotonia biskupia odbyła się 1 stycznia 2012 w soborze Chrystusa Zbawiciela w Moskwie z udziałem patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Cyryla, metropolity krutickiego i kołomieńskiego Juwenaliusza, arcybiskupów możajskiego Grzegorza, istrińskiego Arseniusza, biskupów widnowskiego Tichona, sierpuchowskiego Romana, sołniecznogorskiego Sergiusza, woskriesieńskiego Sawy oraz emerytowanego biskupa sierpuchowskiego IljanaПредстоятель Русской Церкви возглавил хиротонию архимандрита Николая (Погребняка) во епископа Балашихинского, викария Московской